Genómica Agronómica

 

As tecnologias genómicas e moleculares são dos instrumentos mais avançados, que contribuem para melhorar a produtividade e a qualidade dos recursos genéticos vegetais, a sustentabilidade da agricultura e silvicultura e a conservação da biodiversidade vegetal. A atividade de investigação do grupo Genómica Agronómica incide no desenvolvimento de ferramentas de biotecnologia, ao nível da genética molecular e da propagação in vitro de espécies vegetais, como o sobreiro (Quercus suber) e o cardo (Cynara cardunculus), e em novas culturas, como a amendoeira (Prunus dulcis).

Linhas de investigação:

1. Biologia do desenvolvimento Vegetal

Estudos de desenvolvimento vegetal que permitam compreender e aprofundar a base genética da formação e qualidade da cortiça, da produção de compostos bioactivos no cardo, tal como da produção e qualidade da amêndoa.

2. Estratégias de Melhoramento Vegetal Molecular

Com recurso a ferramentas genómicas o desenvolvimento de estratégias que englobam a caracterização da diversidade genética de populações naturais e cultivares, a identificação e seleção de plantas com elevado valor acrescentado com recurso a marcadores moleculares, propagação in vitro de variedades ou genótipos de interesse previamente selecionados.

3. Despiste de doenças em material vegetal

Com o auxílio de técnicas moleculares, a atividade incide no despiste de algumas doenças em material vegetal de propagação, como o caso de viroses de amendoeira.

 

Projetos Mestrado 

Para consultar os projetos de mestrado disponivels clique aqui.

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Membros do Grupo

 

Liliana Marum (CV)   Investigadora principal   Doutorada em Biologia   Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB)     This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.                      Tel: +351 284314399

 

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Ana Paulino (CV)   Estudante de Doutoramento   Mestrado em Engenharia do Ambiente                  IPB/ESA     This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.   Tel. + 351 284 314 399   Ext. 01023/01105

 

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Rita Pires (CV)   Bolseira de Investigação Científica                         Mestrado em Química Forense                 Universidade de Coimbra      This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.   Tel: +351 284319399   Ext: 01107/01105

 

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Ana Luisa Faustino (CV)   Bolseira de Investigação Científica                           Mestrado em Bioquímica   Universidade de Coimbra                              This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.   Tel: +351 284319399   Ext: 01107/01105

  

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Gonçalo de Almeida (CV)   Estudante de Mestrado                       Licenciado em Biologia   Instituto Superior de Agronomia (ISA), Lisboa                Tel: +351 284319399   Ext: 01107/01105

 

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Sandra Caeiro (CV)   Estudante de Mestrado                                          Lienciada em Biologia   Universidade de Évora         Tel: +351 284319399   Ext: 01107/01105

 

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Ex-membros

 

Sergio João, MSc

Joana Serôdio, MSc

Tiago Capote, PhD

Ana Ferro, PhD

Bárbara Correia, MSc

Sónia Gonçalves, PhD

André Folgado, MSc

Leandra Rodrigues, PhD

Sara Valente, MSc

Tánia Almeida, PhD

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Projetos em Cursos

2020 – Inov-Amendo-AL: Inov-Amendo-AL : Microenxertia in vitro de amendoeiras selecionadas para a promoção do amendoal no Alentejo (ALT20-03-0246-FEDER-000068)

2019 – MedCyanaraBioTec: Seleção de Genótipos de Cynara cardunculus para Novas Aplicações Biotecnológicas: potenciar a cadeia de valor do cardo, uma cultura mediterrânica bem adaptada (ALT20-03-0145-FEDER- 039495)

 

Projetos Concluídos

2015 - 2019: Lentidev: Uma abordagem molecular da cortiça à porosidade da cortiça” (ALT20-03-0145-FEDER-000020)

2015 - 2018: ValBioTecCynara: “Valorização económica do cardo (Cynara cardunculus): variabilidade natural e suas aplicações biotecnológicas” (ALT20-03-0145- FEDER-000038)

2016 – 2022: SelectPinea: “Desenvolvimento de marcadores genéticos para características de interesse em pinheiro manso (Pinus pinea)” (ALT20-03-0145-FEDER-000041)

2016 - 2020: HydroReuse: “Tratamento e reutilização de águas residuais agroindustriais utilizando um sistema hidropónico inovador com plantas de tomate” (ALT20-03-0145-FEDER-000021)

2012 – 2015: “Genosuber - Sequenciação do genoma do sobreiro” ALENT-07-0224-FEDER-001754

2011 - "Phellogen development & stress response in cork oak” PTDC/AGR-GPL/118856/2010

2009 - “Consórcio de ESTs do Sobreiro - Stress Biótico” SOBREIRO/0014/2009

2009 - “Consórcio de ESTs do Sobreiro - Qualidade da cortiça” SOBREIRO/0038/2009

2009 - “Consórcio de ESTs do Sobreiro - Produção da cortiça” SOBREIRO/0017/2009

2009 - “Transcriptómica da embriógenese do pinheiro bravo” PTDC/AGR-GPL/102877/2008

2009 - “Redes de regulação da expressão génica - actividade do felogénio” PTDC/AGR-GPL/098369/2008

 

Publicações recentes

Marum L, Nunes S, Almeida T, Pereira VT, Farinha N, Dias MC, Santos C (2018). Cryopreservation of hybrid Pinus elliottii x P. caribaea; In “Stepwise protocols for somatic embryogenesis of woody plants”; S. Mohan Jain and Pramod K. Gupta (Eds), 2nd edition, Springer Verlag. Vol. 84, 283-294.

Nunes S., Sousa D., Pereira V.T., Correia S., Marum L., Santos C., Maria C. Dias (2018) Efficient protocol for in vitro mass micropropagation of Slash Pine; In Vitro Cellular & Developmental Biology – Plant, 54: 175. DOI 10.1007/s11627-018-9891-4.

Capote T, Usié A, Barbosa P, Ramos AM, Morais-Cecílio L, Gonçalves S. (2018) Transcriptome dynamics of cork oak (Quercus suber) somatic embryogenesis reveals active gene players in transcription regulation and hormone homeostasis of embryo development. Tree Genetics & Genomes, 15(4), doi: 10.1007/s11295-019-1353-6.

Capote T, Barbosa P, Usié A, , Ramos AM, Inácio V, Gonçalves S, Morais-Cecílio L. (2018) Chip-Seq reveals that QsMYB1 directly targets genes involved in lignin and suberin biosynthesis pathways in cork oak (Quercus suber). BMC Plant Biology, 18: 198. doi: 10.1186/s12870-018-1403-5.Sandra Nunes S., Marum L., Nelson Farinha N., Pereira V.T., Almeida T., Sousa D., Mano N., Figueiredo J., Dias M.C., Santos C. (2017) Somatic embryogenesis of hybrid Pinus elliottii var. elliottii × P. caribaea var. hondurensis and ploidy assessment of somatic plants; Plant Cell Tiss Organ Cult, 132:71–84, DOI 10.1007/s11240-017-1311-7.

Nunes S., Marum L., Farinha N., Pereira V.T., Almeida T., Dias C.D., Santos C. (2017) Plant regeneration from ploidy-stable cryopreserved embryogenic lines of the hybrid Pinus elliottii x P. caribaea; Industrial Crops and Products,105: 215–224.

Ferro AM, Ramos P, Guerreiro O, Jerónimo E, Pires I, Capel C, Capel J, Lozano R, Duarte MF, Oliveira MM, Gonçalves S (2017). Impact of novel SNPs identified in Cynara cardunculus genes on functionality of proteins regulating phenylpropanoid pathway and their association with biological activities. BMC Genomics, 18(1):183 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28212611

Pereira-Leal JB, Abreu IA, Alabaça CA, Almeida MH, Almeida P, Almeida T ,et al (2014) A comprehensive assessment of the transcriptome of cork oak (Quercus suber) through EST sequencing. BMC Genomics 15:371 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/371.

Almeida T, Pinto G, Correia B, Santos C, Gonçalves S (2013) QsMYB1 expression is modulated in response to heat and drough stresses and during plant recovery in Quercus suber. Plant Physiology and Biochemistry 73: 274-281 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24161757.

Almeida T, Menéndez E, Capote T, Ribeiro T, Santos C, Gonçalves S (2013) Molecular characterization of Quercus suber MYB1, a transcription factor up-regulated in cork tissues. Journal of Plant Physiology 170: 172– 178 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23218545.