Genómica Animal e Bioinformática

 

                                                                              


As linhas de investigação do Grupo de Genómica Animal e Bioinformática incidem no uso de tecnologia de sequenciação e genotipagem de última geração para estudar a regulação e arquitetura genética de características quantitativas de importância económica. As atividades incidem principalmente nas espécies zootécnicas de maior relevância, como os suínos, bovinos e pequenos ruminantes (ovinos e caprinos). O objetivo principal é identificar marcadores moleculares associados com desempenhos produtivos superiores, para utilização em programas de seleção genética e/ou genómica.

Atualmente o grupo tem projetos, em várias fases de progresso, que incidem sobre a identificação e desenvolvimento de marcadores moleculares para características produtivas de interesse económico em suínos e resistência a doenças (peeira e parasitas gastrointestinais) em ovinos. Uma vez que as raças de animais estudadas são, na sua maioria, raças autóctones Portuguesas o grupo está também a desenvolver novos métodos e tecnologias para a rastreabilidade dos animais destas raças, assim como a traçabilidade dos produtos típicos que são produzidos com base nelas.

Estão também a decorrer vários projetos em plantas, que incluem a identificação de marcadores genéticos em pinheiro manso, a sequenciação do genoma do sobreiro, e o desenvolvimento de marcadores moleculares para o melhoramento de variedades de trigo com base em seleção genómica. Outros projetos em plantas incluem a análise transcriptómica da resistência a vários fatores abióticos, como o estresse térmico e hídrico, em trigo e em sobreiro. 

 


 

Membros do Grupo

 

  Ana Usié (CV)

  Investigadora                     

  Doutorada em Bioinformática                    

  Universidade de Lleida

 

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  Tel: +351 284314399

  Ext: 02049

  

 


 

  Daniel Gaspar (CV)

  Estudante de doutoramento

  Mestre em Bioinformática e Biologia Computacional

  Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa 

  

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  Tel: +351 284314399

  Ext: 01107

 

 

 


Ex-membros do Grupo

Marcos Ramos, Investigador Principal (Jan. 205 - Jul. 2021)

Hugo Magalhães, Mestre (Fev. 2017 - Aug. 2020)

Marta Antunes, Mestre (Dec. 2017 - Aug. 2020)

Bruna Mendes, Mestre (Apr. 2019 - May. 2020)

Célia Leão, Post-Doc (Fev. 2017 - Jun. 2019)

Brigida de Meireles, Mestre (Oct. 2015 - Nov. 2018)

Pedro Barbosa, Mestre (Nov. 2014 - Aug. 2017)

Inés Chaves, Post-Doc


Projetos em curso

2023 -  SOS_PRODEHESAMONTADO: Modelos de sostenibilidad integral y resiliencia de la dehesa-montado frente a las amenazas climáticas (POCTEP - 0086_SOS_Prodehesamontado_4_E)

 


 

Projetos Concluídos

2016 – 2021: SelectPorAl: “Seleção e melhoramento genómico de características produtivas do Porco Alentejano” (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000032). Coordenação.

2016 – 2021: SelecTEcoli - Seleção e caracterização de estirpes de E. coli com tolerância acrescida a multi-inibidores derivados dos processos de pré-tratamento da biomassa lenhocelulósica (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000034).


2017 – 2020: INNOACE – Innovación abierta e inteligente en la EUROACE. Actividad 2 - Ación 2. Tarea 7. Propuestas para una gestión eficiente de la fertilización en plantaciones frutales de regadío en la zona Alentejo-Extremadura” (POCTEP).

2016 – 2020: GEN-RES-ALENTEJO - Utilização da genómica para apoio à seleção de ovinos resistentes a parasitoses e peeira no Alentejo (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000037)

2016 – 2020: SelectPinea: “Desenvolvimento de marcadores genéticos para características de interesse em pinheiro manso (Pinus pinea)” (ALT20-03-0145-FEDER-000041)

2016 – 2019: FASTBREED - implementação de um programa de melhoramento de variedades de trigo com base em seleção genómica (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000018)

2015 - 2019: Lentidev: Uma abordagem molecular da cortiça à porosidade da cortiça” (ALT20-03-0145-FEDER-000020)

2013 – 2019: Genetic characterization of national animal and plant resources using next-generation sequencing (Investigador FCT project IF/00574/2012/CP1209/CT0001). Coordenação.

2012 – 2015: “Genosuber - Sequenciação do genoma do sobreiro” ALENT-07-0224-FEDER-001754


Publicações recentes

Artigos em revistas de circulação internacional com revisão por pares

D. Gaspar, C. Trindade, A. Usié, B. Meireles, A. M. Fortes, J. Guimarães, F. Simões, R. Costa, A. M. Ramos (2020). Comparative transcriptomic response of two Pinus species to infection with the pine wood nematode Bursaphelenchus xylophilus. Forests 2020, 11(2), 204; https://doi.org/10.3390/f11020204

Capote, T., Usié, A., Barbosa P., Ramos, A.M., Morais-Cecílio, L. and Gonçalves, S. 2. (2019). Transcriptome dynamics of cork oak (Quercus suber) somatic embryogenesis reveals active gene players in transcriptome regulation and phytohormone homeostasis of embryo development. Tree Genetics & Genomes, 15: 52. https://doi.org/10.1007/s11295-019-1353-6

Capote, T., Barbosa, P., Usié, A., Ramos, A.M., Inácio, V., Ordás, R., Gonçalves, S. and Morais-Cecílio, L. (2018). Chip-Seq reveals that QsMYB1 directly targets genes involved in ligning and subering biosynthesis pathways in cork oak (Quercus suber). BMC Plant Biology 2018 Sep 17; 18(1):198.

Ramos , A.M., Usié, A., Barbosa, P., Barros, P.M., Capote, T., Chaves, I., Simões, F., Abreu, I., Carrasquinho, I., Faro, C., Guimarães, J.B., Mendonça, D., Nóbrega, F., Rodrigues, L., Saibo, N., Varela, M.C., Egas, C., Matos, J., Miguel, C.M., Oliveira, M.M., Ricardo, C.P., Gonçalves, S.. (2018). The draft genome sequence of cork oak. Scientific Data, 5, 180069.

B. Meireles, A. Usié, P. Barbosa, A.M. Fortes, A. Folgado. I. Chaves, I. Carrasquinho, R.L. Costa, S. Gonçalves, R.T. Teixeira, A.M. Ramos, F. Nóbrega (2018) Characterization of the cork formation and production transcriptome in Quercus cerris × suber hybrids. Physiology and Molecular Biology of Plants, pp 1-15, doi:10.1007/s12298-018-0526-3

A. Usié, F. Simões, P. Barbosa, B. Meireles, I. Chaves, S. Gonçalves, A. Folgado  M.H. Almeida, J. Matos and A.M. Ramos (2017). Comprehensive Analysis of the Cork Oak (Quercus suber) Transcriptome Involved in the Regulation of Bud Sprouting. Forests, vol 8. No. 12. 486, doi:10.3390/f8120486

P. Barbosa, C. Leão, A Usié, A. Amaro, A. Botelho, C. Pinto, J. Inácio, K. Stevenson and A.M. Ramos (2017) Draft Genome Sequence of a Rare Pigmented Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Type C Strain. Genome Announcements5(41), e01066–17. http://doi.org/10.1128/genomeA.01066-17

D. Gaspar, C. Trinidade, A. Usié, B. Meireles, P. Barbosa, A. Fortes, C. Pesquita, R. Costa and A.M. Ramos (2017) Expression Profiling in Pinus Pinaster in Response to Infection with the Pine Wood Nematode Bursaphelenchus xylophilusForests, vol 9. No. 8. 279, doi: 10.3390/f8080279

Oral presentations

Ramos, A.M. (2016). Development of genetic markers for economically important traits in the Alentejano pig. 2016 X Iberian Congress on Animal Genetic Resources, Castelo Branco, Portugal, 15-17 September

Ramos, A.M., Genosuber Consortium (2016). The draft assembly and annotation of the cork oak (Quercus suber L.) genome. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

Ramos, A.M. (2015). Genetic biomarkers for the traceability of animal products. 1st National Symposium “Biomarkers in Animal Science and Veterinary Sciences: An Interdisciplinary Approach”, Évora, Portugal, 31 March

Ramos, A.M., Genosuber Consortium (2015). The draft assembly and annotation of the cork oak (Quercus suber L.) genome. Fisiologia Vegetal, XXI Meeting of the Spanish Society of Plant Physiology, XIV Iberian Meeting of Plant Physiology, Toledo, Spain, 14-17 June

Abstracts/Posters

B. Mendes, M. Antunes, A. Usié, C. Leão, A.M. Ramos (2020). “Characterization of the stone pine (Pinus pinea) needle transcriptome: de novo assembly and SNP identification”. Bioinformatics open days. February 19th-21st, 2020, Braga, Portugal.

M. Antunes, B. Mendes, H. Magalhães, A. Usié, T. Sampaio, F. Simões, H. Almeida, A.M. Ramos (2020). “Identification of genetic markers for traits of economic importance in cork oak using high throughput SNP genotyping”. Bioinformatics open days. February 19th-21st, 2020, Braga, Portugal

B. Mendes, T. Sampaio, M. Antunes, H. Magalhães, A. Usié, F. Simões, H. Almeida, A.M. Ramos (2020). “Kinship analysis and Pedigree Reconstruction of a Self-Regenerating Cork Oak Population”. Bioinformatics open days. February 19th-21st, 2020, Braga, Portugal

A. Usié, H. Magalhães, M, Antunes, C. Leão, D. Gaspar, B. Meireles, P. Barbosa, L. Cachucho, A. Albuquerque, R. Charneca, J. Martins, E. Jerónimo, A.M. Ramos (2020). “Whole genome resequencing analysis of Alentejano pigs reveals differences associated with meat quality phenotypes”. Bioinformatics open days. February 19th-21st, 2020, Braga, Portugal

A. Usié, H. Magalhães, C. Leão, D. Gaspar, B. Meireles, P. Barbosa, L. Cachucho, A. Albuquerque, R. Charneca, J. Martins, E. Jerónimo, A.M. Ramos (2020). “Whole Genome Analysis of Alentejano Pigs with Contrasting Meat Quality Phenotypes”. Plant & Animal Genome XXVIII Conference, January 11-15, 2020 in San Diego, CA at the Town & Country Hotel and Convention Center.

C. Leão, A. Usié, M. Antunes, H. Magalhães and A.M. Ramos. (2018). “Identification and characterization of SNPs in stone pine (Pinus pinea) transcriptome”. Bioinformatics open days. March 14th-16th, 2018, Braga, Portugal.

Gaspar, D., Meireles, B., Usié, A., Barbosa, P., Scotti, P., Semedo, J., Pais, I., Maçãs, B., Almeida, A., Costa, R., Coutinho, J., Pinheiro, N., Matos, J., Simões, F., Mendonça, D., Guimarães, J., Ramos, A.M. (2017). Comparative analysis of transcriptional response to heat stress in two durum wheat (Triticum durum) varieties. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

Meireles, B., Gaspar, D., Usié, A., Barbosa, P., Scotti, P., Semedo, J., Pais, I., Maçãs, B., Almeida, A., Costa, R., Coutinho, J., Pinheiro, N., Matos, J., Simões, F., Mendonça, D., Guimarães, J., Ramos, A.M. (2017). Identification of miRNAs related with the response to heat stress in two Triticum durum varieties. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

Barros, P.M., Barbosa, P., Usié, A., Oliveira, M.M., Pesquita, C., Ramos, A.M. (2017). Alternative splicing detection across different tissues in cork oak. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

Barbosa, P., Leão, C., Usié, A., Chaves, I., Amaro, A., Botelho, A., Pinto, C., Stevenson, K., Inácio, J., Ramos, A.M. (2016). Genome wide comparison between Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis non-pigmented and pigmented isolates. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

Gaspar, D., Trindade, C., Usié, A., Barbosa, P., Fortes, A., Pesquita, C., Costa, R., Ramos, A.M. (2016). Characterization of the maritime pine (Pinus pinaster) transcriptome in the response to infection with Bursaphelenchus xylophilus, the causal agent of pine wilt disease. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

Usié, A., Simões, F., Barbosa, P., Meireles, B., Chaves, I., Almeida, M.H., Matos, J., Ramos, A.M. (2016). Comprehensive analysis of the cork oak (Quercus suber) transcriptome involved in the regulation of bud sprouting and foliar development. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

 

Engenharia de Processos

 

 

As linhas de investigação do Grupo de Engenharia de Processos centram-se em processos que possam impulsionar o desenvolvimento económico do Alentejo, através de utilização de produtos e materiais regionais em duas grande linhas de ação: a valorização de biomassa na perspectiva da biorrefinaria e a utilização de tecnologias de membranas de nanofiltração, procurando sempre que possível desenvolver processos que sejam mais amigos do ambiente. Ainda dentro do aspeto ambiental inicia os passos  para desenvolver trabalhos do comportamento de pesticidas em solo/água .

I. Conversão de biomassa lenhocelulósica em bioetanol ou outros compostos de valor acrescentado, no conceito de biorrefinaria

Neste âmbito estamos a desenvolver estudos de desconstrução de biomassa lenho-celulósica com metodologias inovadoras aplicada a várias biomassas; seleção de estirpes de Escherichia coli tolerantes a multi-inibidores resultantes dos pré-tratamentos da biomassa lenhocelulósica e ainda estudos de ensaios sacarificação e fermentação para produção de bioetanol e ácido láctico  a partir de resíduos de esteva destilada.

II –Membranas de nanofiltração

O Grupo de Engenharia de Processos desenvolve trabalho na área dos processos de separação com membranas de nanofiltração, aplicados à recuperação e separação seletiva de compostos bioativos e/ou de valor acrescentado, presentes em resíduos e sub-produtos agroindustriais. Também desenvolve trabalhos na área da aplicação da tecnologia de membranas para a recuperação/tratamento de águas de abastecimento/residuais.

III – Estudos com pesticidas

Desenvolvimento de trabalho que se enquadram no estudo do comportamento de pesticidas em solo focalizada no seguintes aspetos: adsorção/desorção, lixiviação e degradação.

 

Projetos Mestrado 

Para consultar os projetos de mestrado disponivels clique aqui.

 


 

 

Membros do grupo

 

 

Conceição Fernandes (CV)

Investigadora Principal                           

Doutorada em Química                            

Universidade de Sevilha                                               

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01023

 

 


 

Patricia Moniz (CV)

Bolseira Pos-Doc

Doutoramento em Engenheria Alimentar                          

Instituto Superior de Agronomia, Universidade de Lisboa

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01023

                                             

 

 

 


 

Talita Fernandes (CV)

Bolseira Mestre

Doutoramento em Engenheria Ambiental                       

Instituto Superior de Agronomia, Universidade de Lisboa

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01023

                                             

 

 

 

 


 

 

Júnia Caturra (CV)

Estudante de Doutoramento

Mestre em Engenharia Ambiente                               

Instituto Politécnico de Beja

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01024

 


 

Teresa Brás (CV)

Estudante de Doutoramento  

Mestre em Engenharia Química e Bioquímica                

FCT/UNL

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01023

                                             

 


   

Ivone Torrado (CV)

Estudante de Doutoramento

Mestre em Engenharia Biológica                                

Universidade do Algarve

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01023

                                             

 

 

Ex-Membros do Grupo

Luisa Neves

Cristel Santos

 

 Projetos em curso 

-“SelecTEcoli – Seleção e caraterização de estirpes de E. coli com tolerância acrescida a multi-inibidores derivados dos processos de pré-tratamento da biomassa lenhocelulósica” ( ALENTEJO2020- REFª ALT20-03-0145-FEDER-000034)

 Projetos concluídos

- Projecto QREN - WaterTre&Val (ALENT-07-0224-FEDER-001756) – “Membrane technology for sustainable water treatment, recovery and valorisation”

- Projecto PRODER – “Desenvolvimento da fileira da romã – Da planta ao bago pronto a comer”

- Projeto Transferência de Tecnologia e Conhecimento em empresas do setor hortofrutícola e das carnes (CBL_13/02_PS_ADRAL)- “Estudo do potencial dos resíduos resultantes da produção da polpa de figo da índia e da produção do óleo das sementes de figo da índia”

- Projeto Vale Inovação “Biomassa Endógena - Produção de produtos transaccionáveis e energia a partir de recursos endógenos de biomassa vegetal subaproveitada”

 

Publicações recentes

Alves-Ferreira J;  Duarte LCFernandes MC, Pereira H, Carvalheiro F (in press).Hydrothermal treatments of Cistus ladanifer industrial residues obtained from essential oil distilleries. Waste and Biomass Valorization,. DOI 10.1007/s12649-017-0127-3

Fernandes MC,  Ferro MD,  Paulino  ANFC, Chaves HT, Evtuguin DV, Xavier AMRB (2018). Comparative study on hydrolysis and bioethanol production from cardoon and rockrose pretreated by dilute acid hydrolysis. Industrial Crops and Products 111: 633-641. DOI 10.1016/j.indcrop.2017.11.037

Fernandes M. C., Torrado I., Carvalheiro F., Dores V., Guerra V., Lourenço P. M. L., Duarte L. C (2016). Bioethanol production from extracted olive pomace: dilute acid hydrolysis. Bioethanol, 2: 103-111. DOI: 10.1515/bioeth.2016.007

Palma P., Fialho S., Alvarenga P., Santos C., Brás T., Palma, G. Cavaco C., Gomes R., Neves L.A. (2016). “Membranes technology used in water treatment: Chemical, microbiological and ecotoxicological analysis. Science of the Total Environment; 568: 998-1009. DOI:10.1016/j.scitotenv.2016.04.208

Brás T, Guerreiro O, Duarte M F, Neves L A (2015), "Impact of extraction parameters and concentration by nanofiltration on the recovery of phenolic compounds from Cynara cardunculus var. altilis: assessment of antioxidant activity", Industrial Crops and Products, 67: 137–142;

Fernandes MC, Ferro MD, Paulino AFC, Mendes JAS, Gravitis J, Evtuguin DV, Xavier AMRB (2015). Enzymatic saccharification and bioethanol production from Cynara cardunculus pretreated by steam explosion. Bioresource Technology; 189: 309-315.

Ferro MD, Fernandes MC, Paulino AFC, Prozil SO, Gravitis J, Evtuguin DV, Xavier AMRB (2015). Bioethanol production from steam explosion pretreated and alkali extracted Cistus ladanifer (rockrose). BEJ; 104:98-105.

Brás T, Guerra V, Torrado I, Carvalheiro F, Duarte LC, Neves LA (2014). Detoxification of hemicellulosic hydrolysates from extracted olive pomace dilute acid hydrolysate by diananofiltration. Process Biochemistry 49(1)173-180. DOI:10.1016/j.procbio.2013.09.017 ;

Brás T, Fernandes M C, Santos J L C, Neves L A(2013). Recovering bioethanol from olive bagasse fermentation by nanofiltration, Desalination and Water Treatment, 55: 4333-4342. DOI: 10.1080/19443994.2013.770216  

Capítulos de livros

Martinez, A., Rodríguez-Alegría, M.E., Fernandes, M.C., Gosset, G., Vargas-Tah, A., 2017. Metabolic Engineering of Escherichia coli for Lactic Acid Production from Renewable Resources, in: Gosset, G. (Ed.), Engineering of Microorganisms for the Production of Chemicals and Biofuels from Renewable Resources. Springer International Publishing, Cham, pp. 125–145. Doi:10.1007/978-3-319-51729-2_5

 

 

 

Valorização de Agro-Alimentos

 

 

 

O Grupo de Valorização de Agro-Alimentos está focado na otimização dos sistemas de produção animal em condições Mediterrânicas, com particular interesse no estudo e desenvolvimento de estratégias nutricionais para melhorar a eficiência alimentar, a qualidade dos produtos e a sustentabilidade ambiental. Os trabalhos desenvolvidos centram-se principalmente nas seguintes áreas de investigação:

 

1. Uso de recursos alimentares alternativos, como subprodutos agroindustriais e plantas endógenas na dieta de ruminantes;

 

2. Metabolismo lipídico ruminal e estratégias alimentares para melhorar a composição em ácidos gordos na gordura dos ruminantes;

 

3. Abordagens nutricionais para melhorar o estado antioxidante dos animais e prevenir a oxidação lipídica nos produtos.

 


 

Membros do Grupo

 

 

  Eliana Jerónimo (CV, Ciência ID, Orcid ID, Reserarchgate profile)

  Investigadora Principal             

  Doutorada em Ciências Agrárias                  

  Universidade de Évora

 

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  Tel. +351 284314399

  Ext. 01026

 


 

 

  Olinda Guerreiro (CV)

  Investigadora de Pós-Doutoramento                 

  Doutorada em Ciências Veterinárias,                                      
  especialidade Produção Animal

  Instituto Politécnico de Beja

 

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  Tel. +351 284314399

  Ext. 01023/01024

 

  

 


 

 

  David Soldado (CV)

  Estudante de Doutoramento                                                

  Mestre em Bioquímica

  FCT/UNL

 

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  Tel. +351 284314399

  Ext. 01023/01024

 

   


 

 

  Liliana Cachucho (CV)

  Estudante de Doutoramento

  Mestre em Engenharia Zootecnica                                       

  Universidade de Évora

 

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  Tel. +351 284314399

  Ext. 01023/01024

 

 

 


 

  Letícia Fialho (CV)

  Estudante de doutoramento                                               

  Mestre em Biotecnologia                   

  FCT/UNL 

 

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  Tel. +351 284314399

  Ext. 01023/01024

 

 

 

 


 

 

  Silvana Luz (CV)

  Estudante de Doutoramento                  

  Mestrado em Engenharia do Ambiente                               

  Instituto Politécnico de Beja

 

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  Tel. +351 284314399

  Ext. 01023/01024

 

  

 


 

Ex-membros do Grupo

 

Rute Martins, Bolseira de Investigação, 2019 – 2020

Valentina Pinheiro, Bolseira de Investigação, 2019

Ricardo Santos, Bolseiro de Investigação, 2017 – 2019

Luís Madeira, Bolseiro de Investigação, 2017 – 2018

Ana Rita Prazeres, Investigadora de Pós-Doutoramento – 2014 – 2020

Susana Sengo, Estágio Profissional, 2013 – 2014

Daniela Rodrigues, Bolseira de Investigação, 2013

Flávia Fernandes, Bolseira de Investigação, 2012 – 2017

Laura Felício, Bolseira de Investigação, 2011 – 2012


 

Projetos em Curso


2020 – Val+Alentejo – “Valorização dos produtos dos pequenos ruminantes do Alentejo” (ALENTEJO2020 – Refª ALT20-03-0246-FEDER-000049)

2018 – Grupo Operacional – LegForBov- Alimentos alternativos na produção de carne de bovino (Refª PDR2020-1.0.1-FEADER-031184)

2018 – Grupo Operacional – SubProMais - Utilização de Subprodutos da Agroindústria na Alimentação Animal (Refª PDR2020-1.0.1-FEADER-030993)

2017 - Grupo Operacional – LACTIES - Inovação, Eco-Eficiência e Segurança em PME’s do Setor dos Lacticínio. (Refª PDR2020-1.0.1-FEADER-030780)

2016 - SelectPorAl: “Seleção e melhoramento genómico de características produtivas do Porco Alentejano” (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000032)


 

Projetos Concluídos


2017 - 2020: Inov@sfileiras (REFª PDR2020-2024-032732)

2017 – 2020: INNOACE – Innovación abierta e inteligente en la EUROACE. Actividad 2 - Ación 2. Tarea 7. Propuestas para una gestión eficiente de la fertilización en plantaciones frutales de regadío en la zona Alentejo-Extremadura” (POCTEP).

2016 – 2020: HydroReuse - “Tratamento e reutilização de águas residuais agroindustriais utilizando um sistema hidropónico inovador com plantas de tomate” (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000021)

2016 – 2020: CistusRumen - “Utilização sustentável da Esteva (Cistus ladanifer L) em pequenos ruminantes - Aumento da competitividade e redução do impacto ambiental” (ALENTEJO2020 -Refª ALT20-03-0145-FEDER-000023)

2016 – 2019: ValRuMeat - “Valorização da carne de ruminantes em sistemas intensivos de produção” (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000040)

2014 - 2015: "UnValHortFrut - Unidade de Valorização de Produtos Hortofrutícolas” (INALENTEJO)

2012 - 2015: “Desenvolvimento da fileira da romã – Da planta ao bago pronto comer” (PRODER)

2011 - 2013: “RITECA II - Rede de Investigação Transfronteiriça da Extremadura, Centro e Alentejo (Fase II)” (POCTEP)


 

Publicações recentes


Artigos em revistas de circulação internacional com revisão por pares

Jerónimo, E., Soldado, D., Sengo, S., Francisco, A., Fernandes, F., Portugal, A. P. V., Alves, S. P., Santos-Silva, J., Bessa, R. J. B., 2020. Increasing the α-tocopherol content and lipid oxidative stability of meat through dietary Cistus ladanifer L. in lamb fed increasing levels of polyunsaturated fatty acid rich vegetable oils. Meat Science, 164, 108092. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2020.108092

Guerreiro, R., Jerónimo, E., Luz, S., Pinheiro, H., Prazeres, A. R., 2020. Cheese manufacturing wastewater treatment by combined physicochemical processes for reuse and fertilizer production. Journal of Environmental Management. 264, 110470. https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2020.110470

Jerónimo, E., Cachucho, L., Soldado, D., Guerreiro, O., Bessa, R. J. B., Alves, S. P., 2020. Fatty acid content and composition of the morphological fractions of Cistus ladanifer L. and its seasonal variation. Molecules, 25 (7), 1550. https://doi.org/10.3390/molecules25071550

Dentinho, T., Paulos, K., Francisco, A., Jerónimo, E., Almeida, J. M., Bessa, R. J. B., Santos-Silva, J., 2020. Effect of soybean meal treatment with Cistus ladanifer condensed tannins in growth performance, carcass and meat quality of lambs. Livestock Science, 236, 104021. https://doi.org/10.1016/j.livsci.2020.104021

Ribeiro, D. M., Planchon, S., Leclercq, C. C., Dentinho, M. T., Bessa, R. J. B., Santos-Silva, J., Paulos, K., Jerónimo, E., Renaut, J., Almeida, A. M., 2020. The effects of improving low dietary protein utilization on the proteome of lamb tissues. Journal of Proteomics, 103798. https://doi.org/10.1016/j.jprot.2020.103798

Prazeres, A. R., Fernandes, F., Luz, Silvana, Jerónimo., E., 2020. Simple processes for the total phosphorus removal in cheesemaking wastewater: CaCO3, Mg(OH)2, FeSO4 and FeCl3. Journal of Environmental Chemical Engineering, 8 (4), 104034, https://doi.org/10.1016/j.jece.2020.104034

Santos-Silva, J., Alves, S. P., Francisco, A., Portugal, A. P., Almeida, J. M., Fialho, L., Jerónimo, E., Bessa, R. J. B., 2020. Effects of a high-fiber and low-starch diet in growth performance, carcass and meat quality of young Alentejana breed bulls. Meat Science, 168, 108191. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2020.108191

Prazeres, A. R., Afonso, A., Guerreiro, R., Jerónimo., E., 2020. Contamination reduction of real olive oil mill wastewater using innovative acid and basic chemical precipitation processes. International Journal of Environmental Science and Technology. https://doi.org/10.1007/s13762-020-02924-5

Guerreiro, O., Alves, S. P., Soldado, D., Cachucho, L., Almeida, J. M., Francisco, A., Santos-Silva, J., Bessa, R. J. B., Jerónimo, E., 2020.  Inclusion of the aerial part and condensed tannin extract from Cistus ladanifer L. in lamb diets – Effects on growth performance, carcass and meat quality and fatty acid composition of intramuscular and subcutaneous fat. Meat Science, 160:107945. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2019.107945

Francisco, A., Janíček, M., Dentinho, M. T., Portugal, A. P., Almeida, J., Alves, S. P., Fialho, L., Jerónimo, E., Santos-Silva, J., Bessa, R. J. B., 2020. Effects of alfalfa particle size and starch content in diets on feeding behaviour, intake, rumen parameters, animal performance and meat quality of growing lambs. Meat Science, 161: 107964. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2019.107964

Santos-Silva, J., Francisco, A., Alves, S. P., Portugal, P., Dentinho, T., Almeida, J., Soldado, D., Jerónimo, E., Bessa, R. J. B., 2019. Effect of dietary neutral detergent fibre source on lambs growth, meat quality and biohydrogenation intermediates. Meat Science, 147: 28-36. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2018.08.015

Lamy, E., Rodrigues, L., Guerreiro, O., Soldado, D., Francisco, A., Lima, M., Capela e Silva, F., Lopes, O., Santos-Silva, J., Jerónimo, E., 2019. Changes in salivary protein composition of lambs supplemented with aerial part and condensed tannins extract from Cistus ladanifer L.: A preliminary study. Agroforesty Systems, 94: 1501–1509.  https://doi.org/10.1007/s10457-019-00386-4

Prazeres, A. R., Fernandes, F., Madeira, L., Luz, S., Albuquerque, A., Simões, R., Beltrán, F., Jerónimo, E., Rivas, J., 2019. Treatment of slaughterhouse wastewater by acid precipitation (H2SO4, HCl and HNO3) and oxidation (Ca(ClO)₂, H2O2 and CaO₂). Journal of Environmental Management, 250: 109558. https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2019.109558

Prazeres, A. R., Lelis, J., Alves-Ferreira, J., Carvalho, F., 2019. Treatment of vinasse from sugarcane ethanol industry: H2SO4, NaOH and Ca(OH)2 precipitations, FeCl3 coagulation-flocculation and atmospheric CO2 carbonation. Journal of Environmental Chemical Engineering, 7 (4), Article 103203. https://doi.org/10.1016/j.jece.2019.103203

Prazeres, A. R., Fernandes, F., Luz, S., Jerónimo, E., 2019. Cheese wastewater treatment by acid and basic precipitation: application of H2SO4, HNO3, HCl, Ca(OH)2 and NaOH. Journal of Environmental Chemical Engineering. 103556. https://doi.org/10.1016/j.jece.2019.103556

Vieira, F. N., Lourenço, S. M. C., Fidalgo, L., Santos, S. A. O., Silvestre, A. J. D., Jerónimo, E., Saraiva, J. A., 2018. Long-term effect on bioactive components and antioxidant activity of thermally and high pressure pasteurized orange juice. Molecules - The Antioxidant Capacities of Natural Products 23(10) 2706: 1-15.  https://doi.org/10.3390/molecules23102706

Francisco, A., Alves, S. P., Portugal, P. V., Dentinho, M. T., Jerónimo, E., Sengo, S., Almeida, J. M., Bressan, M. C., Pires, V., Alfaia, C., Prates, J. M. P., Bessa, R. J. B., Santos-Silva, J., 2017. Effects of dietary inclusion of citrus pulp and rockrose soft stems and leaves on lamb meat quality and fatty acid composition. Animal 12(4):872-881. https://doi.org/10.1017/S1751731117002269

Ramos, P. A. B., Guerra, A. R., Guerreiro, O., Santos, S. A. O., Oliveira, H., Freire, C. S. R., Silvestre, A. J. D., Duarte, M. F., 2017. Antiproliferative effects of Cynara cardunculus L. var. altilis (DC) lipophilic extracts. International Journal of Molecular Sciences, 18(1), 63. https://doi.org/10.3390/ijms18010063

Ferro, A., Ramos, P., Guerra, A., Parreira, P., Bras, T., Guerreiro, G., Jerónimo, E., Duarte, F., Lozano, R., Oliveira, M., Gonçalves, S., 2017. Haplotype analysis of the germacrene A synthase gene and association with cynaropicrin content and biological activities in Cynara cardunculus. Molecular Genetics and Genomics. https://doi.org/10.1007/s00438-017-1388-z

Francisco, A., Alves, S., Portugal, P. V., Dentinho, M. T., Jerónimo, E., Sengo, S., Almeida, J. M., Bressan, M. C., Pires, V., Alfaia, C., Prates, J. M. P., Bessa, R. J. B., Santos-Silva, J., 2017. Effects of dietary inclusion of citrus pulp and rockrose soft stems and leaves on lamb meat quality and fatty acid composition. Animal. https://doi.org/10.1017/S1751731117002269

Van Leeuwen, K.A., Camin, F, Jerónimo, E., Vasta, V., Prenzler, P. D., Ryan, D., Bessa, R.  J.  B. (2017). Dietary effects on stable carbon isotope composition of fatty acids in polar and neutral fraction of intramuscular fat of lambs. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 65 (43): 9404–9411. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jafc.7b02999

Ferro, A., Ramos, P., Guerreiro, G., Jerónimo, E., Pires, I., Capel, C., Capel, J., Lozano, R., Duarte, F., Oliveira, M., Gonçalves, S., 2017. Impact of novel SNPs identified in Cynara cardunculus genes on functionality of proteins regulating phenylpropanoid pathway and their association with biological activities. BMC Genomics, 18:183. https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3534-8

Almeida, A., Carvalho, F., Imaginario, M. J., Castanheira, I., Prazeres, A. R., Ribeiro., C., 2017. Nitrate removal in vertical flow constructed wetland planted with Vetiveria zizanioides: Effect of hydraulic load. Ecological Engineering, 99: 535-542. https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2016.11.069

Guerreiro, O., Alves, S. P., Costa, M., Cabo, A., Duarte M. F., Jerónimo E., Bessa R. J. B., 2016. Effects of extracts obtained from Cistus ladanifer L. on in vitro rumen biohydrogenation. Animal Feed Science and Technology, 129: 304-312. http://dx.doi.org/10.1016/j.anifeedsci.2016.06.024

Guerreiro, O., Guerra, A. R., Ramos, P. A. B., Moreira, O. C., Dentinho, M. T. P., Bessa, R. J. B., Duarte, M. F., Jerónimo, E., 2016. Potential of Cistus ladanifer L. shrub for ruminant diets – Effect of season and plant age on chemical composition, in vitro digestibility and antioxidant activity. Grass and Forage Science, 71: 437-447. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/gfs.12188/abstract

Francisco, A., Alves, S. P., Pires, V. M. R., Dentinho, M. T., Alfaia, C. M., Jerónimo, E., Prates, J. A. M., Santos-Silva, J., Bessa, R. J. B., 2016. Effect of feeding lambs with a tanniferous shrub (rockrose) and a vegetable oil blend on fatty acid composition of meat lipids. Animal, 10:12, 2061–2073 https://doi.org/10.1017/S1751731116001129

Prazeres, A. R., Rivas, J., Almeida, M. A., Patanita, M., Dôres, J., Carvalho, F., 2016. Agricultural reuse of cheese whey wastewater treated by NaOH precipitation for tomato production under several saline conditions and sludge management. Agricultural Water Management, 167: 62–74. http://dx.doi.org/10.1016/j.agwat.2015.12.025

Prazeres, A. R., Rivas, J., Paulo, U., Ruas, F., Carvalho, F., 2016. Sustainable treatment of different high-strength cheese whey wastewaters: an innovative approach for atmospheric CO2 mitigation and fertilizer production. Environmental Science and Pollution Research, 23 (13): 13062-13075. http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11356-016-6429-3

Francisco, A., Dentinho, M. T., Alves, S. P., Portugal, P. V., Fernandes, F., Sengo, S., Jerónimo, E., Oliveira, M. A., Costa, P., Sequeira, A., Bessa, R. J. B., Santos-Silva, J., 2015. Growth performance, carcass and meat quality of lambs supplemented with increasing levels of a tanniferous bush (Cistus ladanifer L.) and vegetable oils. Meat Science, 100: 275-282. http://dx.doi.org/10.1016/j.meatsci.2014.10.014

Guerreiro, O., Alves, S. P., Duarte, M. F., Bessa, R. J. B., Jerónimo, E., 2015. Cistus ladanifer L. shrub is rich in saturated and branched chain fatty acids and their concentration increase in Mediterranean dry season. Lipids, 50:493–501. http://link.springer.com/article/10.1007/s11745-015-4001-4

Capítulos de livro

Jerónimo, E., Dentinho, M. T., Guerreiro, O., Francisco, A., Soldado, D., Alves, S. P., Santos-Silva, J., Bessa, R. J. B. 2020. Cistus ladanifer L. in Ruminant Diets – A Sustainable Approach to Improve the Feed Nutritional Value and the Quality of Edible Products. In: Freitas Duarte A., Lopes da Costa L. (eds) Advances in Animal Health, Medicine and Production. Springer, Cham. (ISBN 978-3-030-61981-7) https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-61981-7_7

Prazeres, A. R., Albuquerque, A., Luz, S., Jerónimo, E., Carvalho, F., 2017. Hydroponic system: a promising biotechnology for food production and wastewater treatment (Chapter 11). Food Biosynthesis - Handbook of Food Bioengineering, Volume 1. Grumezescu, A. M., and Holban, A. M. (editors). Elsevier, Academic Press, pp 317-35 (ISBN 978-0-12-811372-1). https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780128113721000117

Jerónimo, E., Pinheiro, C., Lamy, E., Dentinho, M. T., Sales-Baptista, E., Lopes, O., Capela e Silva, F., 2016. Tannins in ruminant nutrition - Impact on animal performance and quality of edible products (Chapter 5). Tannins: Biochemistry, Food Sources and Nutritional Properties. Combs, C. A. (editor). Nova Science Publishers, pp 121-168 (ISBN 978-1-63484-150-4). https://www.novapublishers.com/catalog/product_info.php?products_id=56550

Jerónimo, E., Malcata, F. X., 2016. Cheese – Composition and health effects (Chapter 137). Encyclopedia of Food and Health.  Caballero, B., Finglas, P., Toldrá, F. (editors). Oxford: Academic Press, pp 741-747 (ISBN 9780123849472). http://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-384947-2.00137-9

Jerónimo, E., Malcata, F. Xavier, 2013. Lipid fraction in cheese: nutritional value and strategies for improvement (Chapter 13). Handbook Cheese: Production, Chemistry and Sensory Properties. Castelli, H., Vale, Luiz (editors). Nova Science Publishers, Inc., pp. 439-457. (ISBN 978-1-62618-966-9). https://www.novapublishers.com/catalog/product_info.php?products_id=45549

Jerónimo, E., Malcata, F. Xavier, 2013. Sensory characteristics of cheese. Handbook of Cheese in Health: Production, Nutrition and Medical Sciences. Preedy, V. R., Watson, R. R., Patel,V. B. (editors). Wageningen Academic Publishers, pp. 39-52. (ISBN: 978-90-8686-211-5). http://www.wageningenacademic.com/doi/10.3920/978-90-8686-766-0_3

Jerónimo, E., Malcata, F. Xavier, 2011. Caseins in traditional Portuguese cheeses: from science to applications. Casein: Production, Uses and Health Effects. Ventimiglia, A.M. and Birkenhager, J.M. (editores), Nova Science Publishers, Inc., pp. 101-122. (ISBN 978-1-62100-129-4). https://www.novapublishers.com/catalog/product_info.php?products_id=22938

Engenharia de Processos - original

O Grupo de Engenharia de Processos desenvolve o seu trabalho de investigação na área dos Processos de Separação com Membranas, aplicados à recuperação e separação selectiva de compostos bioactivos e/ou de valor acrescentado, presentes em resíduos e sub-produtos agro-industriais.

As áreas de interesse do Grupo de Engenharia de Processos são:

1) desenvolvimento de processos de produção de extractos naturais ricos em compostos bioactivos  aplicados a diferentes tipos de resíduos ou sub-produtos agro-industriais (e.g., esteva, cardo, romã);

2) separação e recuperação de compostos de elevado valor acrescentado presentes em meios fermentativos;

3) produção de bioetanol a partir de resíduos agro-industriais e de biomassa lenhocelulósica (e.g., cardo e esteva).

Recentemente, o grupo de Engenharia de Processos tem desenvolvido trabalho na área de Tratamento de Efluentes e Recuperação de Água por Tecnologia de Membranas.

 

Membros do grupo

 

Luísa Neves

Investigadora Convidada

Doutorada em Engenharia Química

Faculdade de Ciências e Tecnologia                            

Universidade Nova de Lisboa

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01023

 

 

 

Conceição Fernandes

Investigadora de Pós-Doutoramento                           

Doutorada em Química                            

Universidade de Sevilha

 

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Ext. 01023

 

 

Teresa Brás

Bolseira de Investigação Cientifica  

Mestre em Engenharia Química e Bioquímica                

FCT/UNL

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01023

                                             

 

Cristele Santos

Bolseira de Investigação Cientifica  

Mestre em Engenharia do Ambiente                             

FCT/UALG

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01023

                                             

 

 

Miguel Ferro

Bolseiro de investigação

Mestrado Europeu em Quality in Analytical Laboratories

Universitat de Barcelona,

Universidade do Algarve

Central South University


 

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Ext. 01023

 

 

 

Ana Paulino                                                             

Estagiária do IEFP


Mestre em Engenharia do Ambiente 

Instituto Politécnico de Beja

 

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Ext. 01023

 

 

 

Tânia Mesquita                                                        

Estudante de Mestrado

Licenciada em Biologia 

Instituto Politécnico de Beja                      

 

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Ext. 01024

 

 

Matthew Gonçalves

Estudante de Mestrado                                             

Licenciado em Energias Renováveis 

Universidade dos Açores

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01024

 

 

 

 

Júnia Caturra

Estudante de Doutoramento

Mestre em Engenharia Ambiente                               

Instituto Politécnico de Beja

 

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Tel. +351 284314399

Ext. 01024

 

 

Sofia Fialho

Estagiária do IEFP

Licenciada em Engenharia Ambiente                           
 
Instituto Politécnico de Beja
 
 
 
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Ext. 01024
 

Projetos em curso

- Projecto QREN - WaterTre&Val (ALENT-07-0224-FEDER-001756) – “Membrane technology for sustainable water treatment, recovery and valorisation”

- Projecto PRODER – “Desenvolvimento da fileira da romã – Da planta ao bago pronto a comer”

- Projeto Transferência de Tecnologia e Conhecimento em empresas do setor hortofrutícola e das carnes (CBL_13/02_PS_ADRAL)- “Estudo do potencial dos resíduos resultantes da produção da polpa de figo da índia e da produção do óleo das sementes de figo da índia”

- Projeto Vale Inovação “Biomassa Endógena - Produção de produtos transaccionáveis e energia a partir de recursos endógenos de biomassa vegetal subaproveitada”

 

Publicações recentes

Teresa Brás, Vera Guerra, Ivone Torrado, Florbela Carvalheiro, Luís C. Duarte, Luísa A. Neves, "Detoxification of hemicellulosic hydrolysates from extracted olive pomace by diananofiltration", Process Biochemistry, Article in press, DOI:10.1016/j.procbio.2013.09.017 ;

Teresa Brás, Maria C. Fernandes, José Luís C. Santos, Luísa A. Neves, "Investigation of the recovery by nanofiltration of bioethanol resulting from olive bagasse fermentation", Desalination & Water Treatment, 51 (2013) 4333;

 

Valorização de Agro-Alimentos - original

 

O grupo de Valorização de Agro-Alimentos, desenvolve o seu trabalho de investigação em matrizes alimentares de natureza tradicional e importância económica regional, quer de origem vegetal quer de origem animal, procedendo à sua caracterização e propondo melhorias de processo e produto.

De momento, o grupo está empenhado na elucidação das bases fisiológicas e bioquímicas das alterações de qualidade em frutos minimamente processados, com vista ao desenvolvimento de processos e tecnologias que garantam a sua qualidade ao longo de toda a cadeia de abastecimento. Com vista a valorização dos frutos produzidos na região, também existe uma forte aposta na sua caracterização em termos da sua composição fitoquímica e bioactividade.

No que se refere aos produtos de origem animal, o grupo centra os seus esforços na utilização de plantas endógenas ou subprodutos da agro-indústria em estratégias nutricionais que possam melhorar o valor nutricional e a estabilidade oxidativa destes produtos. Neste âmbito está a decorrer a caracterização química de algumas plantas e subprodutos abundantes na região, com vista à avaliação do potencial deste tipo de biomassa para aplicação nestas estratégias nutricionais.

 

Membros do Grupo

 

  Eliana Jerónimo

  Investigadora de Pós-Doutoramento             

  Doutorada em Ciências Agrárias

  Universidade de Évora

 

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  Ext. 01023

  

 

  Flávia Fernandes

  Bolseira de Investigação Científica

  Mestre em Tecnologia e Segurança Alimentar

  FCT/UNL

 

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  Ext. 01023

 

 

 

  Daniela Rodrigues                                      

  Bolseira de Investigação

  Mestrado Integrado em Engenharia Biológica

  Universidade do Algarve

 

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  Ext. 01023/01024

 

 

 

 

 

  Olinda Guerreiro

  Estudante de Doutoramento                        

  Mestrado em Engenharia Alimentar

  Instituto Politécnico de Beja

 

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  Ext. 01023/01024

 

 

 

 

  Susana Sengo                                           

  Estágio Profissional

  Mestrado em Bioquímica

  Universidade de Évora

 

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  Ext. 01023/01024

 

 

 

  David Soldado

  Estudante de Mestrado                               

  Licenciatura em Biotecnologia

  Universidade de Évora

 

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  Tel. +351 284314399

  Ext. 01023/01024

 

 

Projetos Concluídos

2011 – “RITECA II - Rede de Investigação Transfronteiriça da Extremadura, Centro e Alentejo (Fase II)” (POCTEP)

 

Projetos em curso

2011 - “NEW PROTECTION: Efeitos de estirpes probióticas em azeitonas em calda” (PTDC/AGR-ALI/117658/2010).

2013 – “Desenvolvimento da fileira da romã – Da planta ao bago pronto comer” (PRODER)

2013 – A2 Transfer – Transferência de Novas Tecnologias na Indústria Agro-Alimentar Andaluzia – Alentejo

2014 - "UnValHortFrut - Unidade de Valorização de Produtos Hortofrutícolas” (INALENTEJO)

2014 – “MITIC – Modernización e innovación tecnológica con base TIC en sectores estratéicos y tradicionales” (POCTEP)

 

Publicações recentes

Jerónimo, E., Malcata, F. Xavier, 2013. Sensory characteristics of cheese. Handbook of Cheese in Health: Production, Nutrition and Medical Sciences. Preedy, V. R., Watson, R. R., Patel,V. B. (editors). Wageningen Academic Publishers. (ISBN: 978-90-8686-211-5).

Jerónimo, E., Malcata, F. Xavier, 2013. Lipid fraction in cheese: nutritional value and strategies for improvement (Chapter 13). Cheese: Production, Chemistry and Sensory Properties. Castelli, H., Vale, Luiz (editors). Nova Science Publishers, Inc., pp. 439-457. (ISBN 978-1-62618-966-9).

 

 

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